מתוך ראיה כוללת ורצון להתאים לכל תלמיד את מסגרת הלימוד, מחולקות כיתות התלמידים למסלולים שונים.
מסלול זה מיועד לתלמידים בעלי רצון ויכולת להצליח אך מעדיפים לימוד נינוח ושליו יותר. לימודי הגמרא נלמדים בתיווך של הר"מ תוך מגמה להביא את התלמידים לידי רמה של לומדים עצמאיים.
בנוסף ללמידה, יוצאים התלמידים אחת לחודשיים לטיול בן יומיים.
מסלול זה מיועד לתלמידים בעלי רצון ויכולת גבוהים ללמידה איכותית ומאתגרת. לימודי הגמרא נלמדים בהעמקה ובהספק משמעותיים כאשר הלמידה מבוססת למידה עצמית בסדרים יחד עם שיעורים הניתנים על ידי הר"מ.
האווירה בכיתה היא אווירה תורנית, התלמידים רתומים לעבודת ה' משמעותית ולעמידה במטרותיהם האישיות והכיתתיות.
בנוסף ללמידה, יוצאת הכיתה אחת לחודשיים לטיול בן 4 ימים במטרה לסיים במהלך 4 שנות הלימוד את כל שביל ישראל. את הטיולים בארץ מלווה לימוד כיתתי של מגמת ארץ ישראל כך שלקראת כל טיול, לומדים התלמידים על אודות השטח בו יטיילו.
מסלול זה מיועד לתלמידים שאובחנו כתואמים מסלול של כיתה קטנה. כיתות אלו קטנות במיוחד ומלוות בצוות מקצועי רחב המעניק את הכלים הלימודיים והטיפוליים התורמים רבות להתקדמותם של התלמידים.
במהלך 4 השנים עוברים התלמידים תהליכים משמעותיים של בניין זהות והתקדמות לימודית תוך מטרה להביא את כולם לידי מסלול בגרות מלא.